Dans un futur proche, deux syndicats cherchent l'arme le plus fort. Il y a Doji Heavy Industry qui développe l'arme la plus forte, et NSWF créant des humains supérieurs par des manipulations gènétique. Ce qu'ils veulent c'est "Witch Blade" dont seul des femmes peuvent l'utiliser, et qui ont la puissance de la commander complètement.
Six ans après le tremblement de terre, Amaha Masane et sa fille Naoko habitent à Tokyo. Elles sont partis loin du refuge pour vivre seul. Mais ce qui les attendent sont les noires puissances entourant la "Witch Blade" et son destin cruel...